Az első robbanások a kéményeken kilépő hidrogén levegővel való keveredése miatt következtek be. Az atomreaktorok biztonsági rendszerét úgy tervezték, hogy ha valamilyen okból áramkimaradás történne, akkor az elsődleges feladat a reaktorban levő nyomás csökkentése, a hűtővíz bepumpálása. A cunami miatt azonban a dízelaggregátorok nem indultak el, ezért átmenetileg nem sikerült a hűtővizet bepumpálni a rendszerbe, a meglevő hűtővíz hőmérséklete pedig egyre feljebb emelkedett, majd elkezdett elpárologni. Ezt követően a rudak egy része kikerült a víz alól, és a fűtőanyag cirkóniumötvözet borítása elkezdett leégni, aminek következtében hidrogén termelődött.
Amikor a nyomás csökkentése érdekében úgy döntöttek, hogy a gőzt kiengedik a levegőbe, akkor a fűtőanyagok „égése" során keletkezett hidrogén robbanóelegyet alkotott a levegővel, és hatalmas robbanást okozott. Az 1-es és a 3-as blokk esetében ezért elsősorban a tető sérült, bár az újabb jelentések azt is feltételezték, hogy a 3-as blokkban maga a fűtőanyagrudakat tartalmazó konténer is megsérült.
A japán energiaügyi minisztérium által szolgáltatott információk alapján a Nemzetközi Atomenergia Ügynökség (NAÜ) igazgatója, Jukija Amano szerint egyre valószínűbb, hogy a 2-es blokkban viszont a fűtőanyagrudakat tartalmazó konténerek sérültek, de a radioaktív sugárzás növekedéséért a 4-es blokkban bekövetkezett tűz a felelős. Szerda reggelre apokaliptikus állapotok uralkodtak az atomerőműben, a hírtelevíziók folyamatosan mutatták a füstölgő erőművet, amelyben a sugárzás növekedése miatt átmenetileg visszarendelték a fűtőrudak hűtésén dolgozó egységeket; a hatóságok arra kérték az erőmű mintegy 30 kilométeres körzetében élő lakosokat, hogy zárkózzanak be házaikba.