A világhírű búvár életét a tenger kikutatására, védelmére szentelte, sorsát láthatatlan kezek terelték Poszeidón birodalmába. A Bordeaux-hoz közeli gall városban, Saint-André-de-Cubzac-ban látta meg a napot a kis Cousteau, ügyvéd apja és édesanyja nem éppen vízi pályát szántak neki. Testvérbátyja, Pierre-Antoine kitűnő tanulmányi eredményével szemben öccse nem volt igazán jó tanuló, a tengeren és a repülésen kívül más nemigen foglalkoztatta. Az iskolából hamar kizárták, bár nem a gyér bizonyítvány, hanem inkább iskolai botrányai miatt: az utolsó cseppet abban a bizonyos pohárban az iskola tizenhét ablakának kitörése jelentette. Húszévesen sikerült leérettségiznie, majd a maga száznyolcvan centijével jelentkezett a haditengerészethez, szívzörejproblémája miatt azonban épphogy csak bejutott. Rövidesen áthelyezését kérte a légi-
erőhöz, de egy súlyos autóbaleset kettétörte pilótaálmait: huszonhét törést szenvedett, mellkasa behorpadt, tüdeje átfúródott, kis híján amputálták jobb karját, de az orvosi döntést felülírva, rendíthetetlen akarattal gyógytornába kezdett.
A tengerészeti akadémia elvégzése után a francia haditengerészet Condorcet nevű csatahajóján szolgált, ekkor végezte első víz alatti kutatásait. Jacques számára a tenger csupán a sós vizet jelentette egészen addig a pillanatig, amíg barátja, Philipp Tailliez kölcsön nem adta neki a gyöngyhalászáshoz használt, úgynevezett Fernez-szemüveget, a modern búvárszemüveg elődjét, melynek segítségével egy új dimenzió nyílt meg előtte: „Ahogy a fejemet a víz alá dugtam, az egész civilizáció eltűnt, s ott voltam a dzsungel kellős közepén.” 1935 és 1939 között Cousteau a titkosszolgálat haditengerészeti „ágának” számos küldetést és kommandóakciót teljesített búvárkodás címén Sanghajban, Japánban, majd a Szovjetunióban, melyek egy halom katonai érdemrendhez juttatták. Ebben az időben távolodott el bátyjától, Pierre-Antoine-tól, aki fanatikus Hitler-rajongó újságíróként dolgozott egy antiszemita lapnál. Miatta próbálták sokan Cousteau-t is antiszemitizmussal vádolni, de ezt ő kategorikusan elutasította. Azon ritka pillanataiban, amikor nem a tengerfeneket tanulmányozta, szívesen festegetett, tangóharmonikázott, vagy éppen verseket írt.
A huszonhét éves tengerészaspiráns Japánban egy fogadáson találkozott a tengernagy felmenőket jegyző hajdani fregattkapitány tizennyolc éves lányával, Simone Melchiorral, akit rövidesen nőül is vett. Az ambiciózus nagypolgári leány többször pótolta ki férje hajójának felújítási költségeit családi ékszereinek és bundáinak zálogba adásával. Két fiuk született, a mérnök-építész Jean-Michel, majd négy évvel később Philippe. A nagyobbik fiú elmondása szerint mindkét szülőjük „bulizós” volt, rendre partikat szerveztek, miközben a korán felnőttként kezelt fiúkat liberális nevelésben részesítették.
A háború és a kémkedés után Cousteau 1949-ben leszerelt a tengerészettől, és megalapította a Francia Oceonográfiai Társaságot. Mindössze harminchárom évesen Émile Gagnan mérnökkel közösen sűrített levegős búvárkészüléket tervezett: az aqua-lung vagy „vízi tüdő” néven is ismert készülék segítségével 60 méteres merülési rekordot állított fel. Ő volt az első békaember. A biztonságos merülés határát saját magán végzett oxigénmérgezéses és nitrogénnarkózisos kísérletei során igyekezett meghatározni. Cousteauék itt használtak először maszkot, pipát és békalábat. Első víz alatti felvételei és filmjei is ekkor készültek.
Az erdei nimfáról elnevezett híres Calypso hajó első számú szemtanúja és eszköze volt a modern idők Odüsszeuszának kutatásainál. Cousteau elmondása szerint ezt a serfőzőjéről is ismert ír milliomosnak, Sir Guinessnek köszönheti, aki megvásárolta és felszerelte a szerkezetet, és mindössze évi egy frank fejében a kutató rendelkezésére bocsátotta. Cousteau rendbehozta, majd mozgó laboratóriummá alakította a 40×8 méteres hajdani aknaszedőt. Egy alkalommal a Vörös-tengeren egy cápákról szóló sorozatot vettek fel, amikor a Calypso éppen csak megúszott egy géppuskasorozatot a roncsokkal teli Szuezi-csatornán. Időközben ugyanis kitört a hatnapos izraeli–arab háború. Számos régészeti feltárás eszközeként szolgált a Földközi- és a Vörös-tengeren, melynek segítségével a kapitány tucatnyi hajóroncsot talált, köztük egy 41 méter mélyen, Marseille közelében fekvő ókori görög borszállító hajó maradványát, illetve az 1976-ban feltárt HMHS Britannic roncsait. 1991-ben Magyar-országon is járt, ökológiai expedíciója során végighajózta a Dunát.
Az emberiség nincs rá felkészülve
1986-ban Észak-Afrikában merült a Dzsbutihoz közel eső Tahoe- vagy Goubet-tónál, amit a helyiek egyszerűen a „démonok gödrének” neveznek. Itt egy cápacsalogató ketrecbe egy teve tetemét helyezték el az egyik víz alatti barlangban, ám a ketrec pillanatok alatt totálkáros lett. Cousteau a felvevőgépével rögzítette a titokzatos lényt, de rossz minőségre hivatkozva nem hozták nyilvánosságra a felvételt, mivel elmondása szerint jelenlegi tudásunkat túlhaladná, és jelentős következményekkel is járna, úgymond: „még nem áll rá készen az emberiség…”
Egy másik megrázkódtató eset a Bermuda-háromszög legmélyebb árkában történt. Cousteau embereivel egy merülőharangban érte el a tengerfeneket, amikor valami nagyon furcsát hallottak. Azonnali jelzésére felhozták őket a felszínre, majd miután felocsúdott a sokkos állapotából, Cousteau elmondta, hogy „emberek fájdalommal átitatott kiáltásait hallottam”. A kapitányt annyira megdöbbentette az esemény, hogy többé nem beszélt róla senkinek, és nem is merült le soha többé.