Az Ayotzinapa tanárképző főiskola hallgatói szeptember 26-án gyűltek össze a mexikói Iguala városban, hogy a munkavállalással kapcsolatos diszkrimináció ellen tiltakozzanak, és éppen busszal igyekeztek hazafelé, amikor fegyveresek rájuk lőttek. A hatóságok állítása szerint a diákok erőszakkal próbálták elfoglalni a buszokat, azonban ez nem bizonyított, az pedig érthetetlen, hogy miért lőtték le egy másik, fiatal futballistákat szállító jármű sofőrjét és az egyik sportolót.
A hat halálos áldozatot követelő lövöldözés körülményei tisztázatlanok, ahogyan az is, hogy pontosan ki lőtte le a fiatalokat. Szemtanúk szerint ugyanis a tüntetésen intézkedő rendőrség mellett megjelent egy ismeretlen fegyveres csoport is, mely a buszon lévőkre lőtt.
A lövöldözés után ötvennyolc tüntetőnek nyoma veszett. Akkor látták őket utoljára, amikor rendőrségi kisbuszokba szállították be őket, azt pedig nem tudni, hogy onnan hová kerültek, viszont újabb tizennégy rendőrt tartóztattak le, akiket azzal gyanúsítanak, hogy átadták a fiatalokat a helyi drogbandának.
Pár nappal a tiltakozások után tizennégy eltűnt diák felvette a kapcsolatot a családjával, és elmondták:
az erőszakos cselekmények után a közeli hegyekbe menekültek, és ott bujkáltak, mert attól tartottak, hogy őket is megölik. Mindeközben elfogatóparancsot adtak ki Iguala polgármestere, a felesége és a biztonsági főnökük ellen, akik valószínűleg elszöktek az incidens után. A hatóságok gyanúja szerint a város vezetősége közvetlen kapcsolatban áll a helyi Guerreros Unidos elnevezésű drogbandával, és felelősek lehettek a tüntetést követő gyilkosságokért. A rendőrség jelentése szerint a drogbanda vezetője, Benjamín Mondragón kedden öngyilkos lett, mielőtt letartóztatták volna. Hétfőn egy diákokból és tanárokból álló csoport felgyújtotta Guerrero állam egyik kormányzati épületét. Az elkövetők az eltűnt diákok főiskolai társai voltak, akik így akarták kifejezni a nyomozás eredménytelensége miatti felháborodásukat.
A diákok eltűnése sokkolta a közvéleményt, és tízezrek vonultak az utcákra Mexikó-szerte, hogy a fiatalok szüleivel együtt követeljék, hogy a kormány és a hatóságok tegyenek meg mindent annak érdekében, hogy a még mindig hiányzó negyvennégy hallgató előkerüljön. A dél-amerikai állam miniszterelnöke, Enrique Peña Nieto „fájdalmasnak és elfogadhatatlannak” nevezte a történteket, és a tettesek felelősségre vonását ígérte. Egyes hírforrások szerint maga az elnök rendelte el a helyi rendőrség lefegyverzését is, ugyanis félő, hogy sokan közülük kapcsolatban állnak a bandával.
A rendőrség feladatait jelenleg is a mexikói hadsereg és a csendőrség látja el, a nyomozás során pedig eddig összesen ötven embert tartóztattak le, akiknek a többsége rendőr. A gyanúsítottak között van a polgármester veje is, akit azzal vádolnak, hogy ő a Guerreros Unidos vezetője. Mindezek ellenére a diákok szülei nem hisznek abban, hogy a kormány tényleg mindent megtesz az eltűnt fiatalok felkutatása érdekében, hiszen a nyomozást is csak nyolc nappal a szeptember végi események után rendelték el. Az pedig további aggodalomra ad okot, hogy a nyomozók egy névtelen bejelentés után tömegsírokat találtak legkevesebb huszonnyolc holttesttel. Az eddig azonosított áldozatok közül pedig egyik sem az eltűnt hallgatók közül való. Ráadásul a többi, súlyosan roncsolódott holttest azonosítása akár hónapokba is telhet, mert az áldozatokat benzinnel lelocsolták és felgyújtották.
A történtekkel kapcsolatban több elmélet is napvilágot látott, melyek arra keresik a választ, vajon miért célozták a tüntető diákokat, és hová tűnt több mint negyven fiatal. Az egyik elmélet szerint a tiltakozókról köztudott, hogy baloldali aktivisták, akiket lehet, hogy politikai nézeteik miatt gyilkoltak meg, mások szerint azonban magukra haragíthatták a helyi drogbandát azzal, hogy a zsarolások ellenére nem voltak hajlandóak fizetni nekik. Az is elképzelhető, hogy Iguala polgármestere és a felesége is közvetlenül érintett az ügyben, hiszen az asszony a tüntetés napján tartott beszédet a városban, és azért vehették célba a tüntetőket, mert a városvezetés attól tartott, hogy a főiskola hallgatói megzavarnák a rendezvényt.