Alig néhány héttel a „római mészáros” néven elhíresült egykori SS tiszt, Erich Priebke holttestének elhantolásával kapcsolatos viharok után, október 31-én látott napvilágot a hír, hogy nyomára bukkantak Heinrich Müller holttestének. Johannes Tuchel történész korabeli dokumentumokra és egy az áldozatok elhantolásában részt vett egykori katona 1961-ben tett vallomására hivatkozva állítja, hogy Müller teteme a szövetségesek légitámadásai következtében elhunyt közel háromezer civil és katona holtestével, valamint háromezer zsidó áldozattal együtt a Berlin Mitte városrészében található izraelita temetőben fekvő tömegsírba került.
Az 1900-ban született, Gestapo Müller néven ismert férfi, akit ily módon különböztettek meg a szintén Heinrich Müller nevű SS-tábornoktól, 1939-től vezette Hitler titkosszolgálatát. A csekély fantáziával megáldott, de német precizitással dolgozó bürokratának a Führerhez való lojalitása a háború során töretlen volt. Tuchel szerint Müller Himmlerrel, Hitlerrel és Heydrichhel együtt számtalan tömeggyilkosságért volt felelős.
1942 januárjában Müller is részt vett a Berlin egyik délnyugati városrészében, Wannseeben tartott konferencián, melynek célja a különböző kormányzati hivatalok együttműködésének összehangolása volt a zsidókérdés végső megoldásához, azaz a Németország által elfoglalt európai területeken élő zsidók szisztematikus megsemmisítéséhez. Az 1944 júliusában Hitler ellen elkövetett sikertelen merénylet után a Müller által vezetett Gestapo kapta feladatként a gyilkossági kísérlet gyanúsítottjainak elfogását és kivallatását, melynek során ötezer embert vettek őrizetbe, majd közülük mintegy kétszáz személyt végeztek ki. 1945 áprilisában Müller személyesen tervezte el Hitler légi úton történő kimenekítését Barcelonába a Berlin felé közeledő szövetséges csapatok elől, azonban sem a diktátor, sem pilótája nem hagyták el a német fővárost élve.
A Gestapo parancsnokát egy nappal a vezér öngyilkossága után, május 1-jén látták utoljára a Führer-bunkerben.
A háborút követően a nyugati titkosszolgálati szervek sokáig kutattak rejtekhelye után, és eltűnésére több lehetséges magyarázat született. Az egyik verzió szerint Berlin elestekor öngyilkosságot követett el, de testét nem találták meg, mások szerint Dél-Amerikába menekült, és álnéven rejtőzködik, sőt azt is elképzelhetőnek vélték, hogy az Egyesült Államokban vagy a Szovjetunióban él hamis papírokkal. 1949 nyarán a nyugati hírszerzők abban a hitben voltak, hogy a csehországi Karlovy Varyban bujkál. A keresés 1960-ban vált ismét intenzívvé, amikor Izraelben bíróság elé állított egykori beosztottja és a „végső megoldás” fő kivitelezője, Adolf Eichmann azt állította, hogy főnöke még életben van, noha biztos információi neki sem voltak.
Müller hollétét illetően az egyik legérdekesebb vallomás a háború utolsó hónapjaiban verbuválódott néphadse-reg, a Volkssturm egykori tagjától, Walter Lüderstől származott 1961-ben. Lüders tagja volt annak a temetkezési osztagnak, amely elmondása szerint a Birodalmi Kancellária kertjében egy SS-tiszt tetemére lelt, akinél Heinrich Müller papírjai voltak. A holttestet egy tömegsírba helyezték Berlin szovjetek által elfoglalt részében, egy régi zsidó temetőben. Mivel az ügy akkoriban Kelet-Németországot nem érdekelte, a Kelet-Berlin területén található tömegsírhoz nem sikerült hozzáférni.
Tuchel professzor, a Német Ellenállás Emlékhelye alapítvány vezetője levéltárak archívumait feldolgozva arra a következtetésre jutott, hogy a titkosszolgálatok teljesen tévúton jártak, és Müller valóban meghalt a háború végén.
Az átvizsgált dokumentumok szerint holttestét a szövetséges csapatok találták meg egy hevenyészett sírban a Harmadik Birodalom Légi Közlekedési Minisztériumánál.
A halott tábornoki ruhát viselt és a zsebében található fényképes igazolványa lehetővé tette azonosítását. Szintén egy korabeli dokumentum igazolja Walter Lüders 1961-ben tett vallomását, miszerint az SS-vezér holttestét a kerület Grosse Hamburger utcai, 1672-től 1827-ig működő zsidó temetőjébe helyezték, ahol egyébként Moses Mendelssohn híres német-zsidó filozófus sírja is található. Nem mellesleg éppen ez az a temető, amelyet a nácik 1943-ban a Gestapo rendeletére megrongáltak és meggyaláztak, és amelynek sírköveivel a berlini légópincék falait erősítették. A temető közvetlen szomszédságában álló két épületet, az egykori zsidó fiúiskolát és az idősek otthonát a Gestapo elkobozta, majd a „zsidólágernek” elnevezett épületegyüttesbe embertelen körülmények között 55 ezer embert zsúfolt be, Auschwitzba és Theresienstadtba történő deportálásuk előtt.
A Németországi Zsidók Központi Tanácsának vezetője, Dieter Graumann szerint: „Az a tény, hogy az egyik legbrutálisabb náci szadista éppen egy zsidó temetőben van eltemetve, ízléstelen borzalom. Ez durván meggyalázza az áldozatok emlékét” – amint azt a Bild magazinnak nyilatkozta.
A dokumentumokra alapozott feltételezés bizonyítása és Müller igazságügyi azonosítása azonban nem egykönnyen megoldható, mivel a zsidó vallási szabályok nem teszik lehetővé a halottak exhumálását. Így a titkosszolgálat parancsnokának háború utáni sorsa továbbra is titok marad.