Az Izrael elleni bojkott kérdése mélyen megosztja az Európai Unió döntéshozóit is. 2012 júniusában az Európai Unió példátlan, egyszerre hatvan – kereskedelmi és diplomáciai – területet érintő megállapodáscsomagot írt alá Izraellel. Az egyezmények megkönnyítik a zsidó állam számára az egységes piachoz való hozzáférést, különösen közlekedési és energiakérdésekben, valamint szoros együttműködést kezdeményez Brüsszel és Jeruzsálem között szakmai területeken. Az Izrael elleni büntetőakciókat meghirdető „BDS”-mozgalom (BDS: Boycott, Divestment, Sanctions – „bojkott, tőkekivonás és szankciók” – a szerk.) hangosan tiltakozott az egyezmények ellen. Brüsszel azonban még egy lépéssel továbbment, amikor 2012 októberében exportkedvezményeket biztosított izraeli ipari termékek számára az Unió területén. Az Európai Unió Tanácsa mindkét egyezményt támogatta, mint amelyek „kifejezik a kétoldalú kapcsolatok erősítésének fontosságát”, és további nyitást sürgetett.
A pozitív lépések után hidegzuhanyként érte a jeruzsálemi kormányt, amikor idén nyáron az Európai Unió új direktívát adott ki, amely – ha életbe lép – ellehetetlenítheti Izrael és Brüsszel kapcsolatát. Bár a szöveg látszólag „csak” az 1967-es fegyverszüneti vonalakon túl elterülő településeket rekeszti ki az uniós támogatási pályázatokból, a szankciók mindazokat sújthatják, akik – akár Európából, akár Izraelből – bármiféle kapcsolatot fenntartanak a telepesekkel. Így feketelistára kerülhet például az összes bank, amely fiókot vagy akár csak pénzkiadó automatát működtet Kelet-Jeruzsálemben (beleértve az Óváros zsidó negyedét is), vagy tudományos együttműködést folytat a Ciszjordániában működő Arieli Egyetemmel. Nem véletlen, hogy a legengedékenyebbnek tekintett izraeli kormánypolitikus, Cipi Livni is azt mondta, hogy az európai bojkott „nem áll meg a településeknél, hanem egész Izraelt fenyegeti”.
A kérdés egyik legismertebb szakértője, Steven J. Rosen washingtoni professzor az Izrael Szövetségesei Alapítvány számára készített tanulmányában azt állítja, hogy az új direktíva alapvető európai érdekeket is sért. Izrael ugyanis jelezte, hogy nem vesz részt a Horizont 2020 elnevezésű nagyszabású uniós kutatás-fejlesztési programban, amely kifejezetten izraeli technológiai cégek és kutatóintézetek bevonására épült.