A menesztett tábornokok mindegyike azok közé a letartóztatott tisztek közé tartozott, akiket azzal gyanúsítanak, hogy államcsínyt terveztek Erdogan és kormánya ellen. A nyomozás során mintegy kétszáz tisztet tartóztattak le, akik az ügyészség szerint az Ergenekon nevű titkos ultranacionalista és szekuláris szervezethez tartoztak. A szervezethez tartozó tisztek rossz szemmel nézték az ország folyamatos iszlamizációját – a fejkendő engedélyezése és az alkohol tiltása szerintük csak kezdeti lépések azon az úton, amelynek a vége egy iszlám köztársaság.
A vád szerint a katonatisztek a Pöröly Hadművelet során olyan terrorakciókat akartak elkövetni, amelyek következtében rendkívüli állapotot vezethettek volna be, és átvehették volna a hatalmat az Erdogan által vezetett kormánytól. Sokak szerint ezek valójában csak koholt vádak, és az ügyészség saját gyártású bizonyítékokkal dolgozik. A nyomozás során letartóztatott legmagasabb rangú tiszt Ilker Basbug tábornok, aki 2008 és 2010 között volt a török hadsereg vezérkari főnöke, vagyis a második legnagyobb NATO-hadsereg feje. Basbug letartóztatása meglepte a török közvéleményt: egyesek szerint jó, hogy a kormány felszámolja a tábornokok „állam az államban” szerepét: a török tábornokok a háború után négyszer követtek el államcsínyt, és mozdították el a nem szájuk íze szerint való kormányt. Mások viszont aggasztó jelnek látják mindezt: szerintük ugyanis a pasák voltak a Kemál Atatürk által létrehozott szekuláris török állam garanciái. Elmozdításuk arra utaló jel, hogy Erdogan miniszterelnök nem távlati tervei alapjaiban változtatnák meg a török állam berendezkedését.
A hadsereg „lefejezésére” kritikus időben került sor: azt követően, hogy Szíria lelőtt egy török vadászrepülőgépet, és Törökország csapatokat és fegyvereket küldött a török–szír határra. A törökök attól tartanak, hogy kurd szeparatisták Törökország megtámadására szeretnék kihasználni a szíriai káoszt. Erdogan azonban ígéretet tett, hogy a Törökország biztonságát veszélyeztető akciókat megtorolják.