A több száz nemzetközi aktivistát (többnyire nyugati baloldali, szélsőbaloldali, illetve muzulmán és iszlamista szervezetek tagjait) és több tonna segélyt szállító hajók Törökországból indultak útnak. A palesztinbarát és többnyire Izrael-ellenes retorikát használó aktivisták Ciprus érintésével közelítették meg a gázai partokat. Az izraeli hatóságok jó előre jelezték, hogy nem léphetnek be a blokád alatt tartott Gázai övezetbe, és felajánlották, hogy kössenek ki Asdód izraeli kikötővárosban, ahonnan a szállítmány átvizsgálása után közúton került volna a segély Gázába.
Ennek ellenére az aktivisták úgy döntöttek, hogy áttörik a blokádot, és tovább folytatták útjukat Gáza felé. Ekkor vetette be Izrael a kommandósokat, akik helikopterekről, kötélen ereszkedtek le. Öt hajó gond nélkül megadta magát, a hatodik és egyben a legnagyobb azonban, a Mavi Marmara nevű, a kommandósok nagy meglepetésére ellenállást tanúsított.
Az egyenként leereszkedő izraeli katonákat azonnal körülvették, és vasrudakkal ütlegelni kezdték. Az egyik katonát ledobták a felső fedélzetről. Az aktivisták két katonától elragadták a pisztolyát. Lincshangulat alakult ki, több katonát a földre terítettek, ekkor kértek az izraeli elitalakulat tagjai engedélyt feletteseiktől a lőfegyver használatára. Ezt megkapták, mert a katonai vezetés úgy ítélte meg, hogy a kommandósok életveszélyben vannak. A tűzharcban kilenc aktivista meghalt, sokan megsérültek, köztük a kommandósok is. A halottak között volt az a két férfi, akik elvették és használták a katonák fegyvereit. „Minden oldalról támadnak minket, azonnal evakuáljanak bennünket", „Igazi fegyvereik vannak, lőnek ránk" - hallatszik az izraeli katonák hangja a nyilvánosságra hozott felvételeken. A hajó több utasa viszont egészen másképp számolt be a történtekről. Hanin Zuabi, a knesszet arab képviselője például azt állította, hogy semmi nem volt az utasok kezében, így fegyver sem. Szerinte az izraeliek már akkor lőni kezdtek, amikor még le sem értek a hajóra.