A Halál Angyala, ahogy Mengelét nevezték, naplófeljegyzéseiben semmi jelét nem adta annak, hogy bármit is megbánt volna második világháborús tetteiből. Az iratokat Sao Paulóban, egy szövetségi rendőrségi épület tizedik emeleti raktárában őrizték azóta, hogy 1985-ben elkobozták attól a német házaspártól, akik Mengelét rejtegették, illetve abból a vidéki házból, ahol a náci orvos később rejtőzött. A jövőben a brazil főváros, Brasília rendőrakadémiája fogja őrizni őket, ahol a nyilvános vizsgálat is lehetővé válik.
A feljegyzések jól mutatják, hogy Mengele haláláig lojális maradt fajgyűlölő nézeteihez. A világháború alatt az auschwitzi koncentrációs táborban érzéstelenítés nélkül hajtott végre kísérleteket a rabokon, elsősorban ikreken. Tevékenységéről, melynek során eldöntötte, ki marad életben, ki kerül egyenesen a gázkamrákba, és kiket használ fel embertelen kísérleteihez, azt írta: "Auschwitzban életet adtam, nem elvettem." A tábor orvosaként mintegy négyszázezer ember haláláért tartják felelősnek.
Ellentmondásosnak tűnhet, de naplója tanúsága szerint a zsidók iránt irigységgel teljes csodálatot érzett: "A zsidók kulturális eredményei vitathatatlanok. Mindig érezhető, hogy képviselőik intellektuálisan az átlag fölött vannak, és szinte kivétel nélkül magas kulturális színvonalon álló népek között élnek" – jegyezte fel, hozzátéve ugyanakkor, hogy vérüknek soha nem szabad másokéval keverednie. Minden elismerése ellenére egyetlen szóval sem utal arra, hogy bármit is rosszul cselekedett volna a zsidók módszeres irtásában való részvétellel, viszont már 1969-ben élesen kritizálja Izraelt a palesztinok "üldözéséért". Hasonló véleményt fejt ki a dél-afrikai apartheid rezsimmel kapcsolatban is, melyet a fajok keveredése elleni legjobb módszerként dicsér. "Bizonyított tény, és senki nem vitathatja, hogy a fajok és népek különböznek egymástól" – írja naplójában. "Nem minden faj és nép ér el azonos kulturális szintre, amiből azt a következtetést kell levonnunk, hogy nem minden nép rendelkezik ugyanolyan kreatív kapacitással. Az északi fajnál ez tisztán kimutatható." Mengele a háború utáni évek Németországát jellemző pacifista hullámmal szemben is ellenérzéseket táplált: úgy vélte, országa "degenerálódott, mivel elvesztette tradícióit".
A második világháború után a Halál Angyala sikeresen elmenekült a felelősségre vonás elől, és a kitartó keresés ellenére sem sikerült őt haláláig megtalálni. Annak ellenére, hogy Adolf Eichmann mellett ő volt az izraeli titkosszolgálat legfőbb célpontja. Végül a számos háborús bűnös búvóhelyét jelentő Dél-Amerikában halt meg 1979-ben, egyes források szerint egy vízbe fúlt holttestben ismerték fel Josef Mengelét.