A hírszerző szervek átalakításáról már több mint egy éve folynak a tanácskozások, szeptember 11-ét követően azonban a terrorizmus elleni harcot elősegítő változtatások kerültek a gyújtópontba.
A hírszerzési bizottságban várhatóan felvetődő javaslatok arra irányulnak, hogy az új Belbiztonsági Minisztérium keretében egyesítsék a CIA és az FBI terrorellenes központját. Olyan belbiztonsági szervet hoznának így létre, amely magában foglalná az FBI terror- és kémelhárító tevékenységét, továbbá a központi hírszerzés igazgatójának kezébe adná a Pentagon technikai adatgyűjtő ügynökségeinek ellenőrzését, de megszüntetné közvetlen fennhatóságát a CIA felett. A Belbiztonsági Minisztérium megteremtésének egyik eredménye – még a hírszerző ügynökségek átszervezésének megkezdése előtt – az lenne, hogy az új szerv az FBI-ra és a CIA-ra támaszkodna a belföldi hírszerzés terén. Lieberman szenátor a múlt héten kijelentette: bizottságának egyik feladata annak meghatározása volt, "miként oldja meg az összhang és az adatmegosztás rémítő hiányát a kulcsfontosságú ügynökségek között (beleértve az FBI-t és a CIA-t), ami – most úgy tűnik – a kormány szeptember 11-éhez vezető legszembetűnőbb kudarca volt."
Mueller FBI-igazgató tiltakozott az ellen, hogy a terrorellenes tevékenységet kivegyék hivatala kezéből, mivel az a terrorizmus ellen folyó harc megszakítását jelentené. Saját átszervezési terve szerint ügynököket és elemzőket adna a jelenlegi állományhoz, hogy ellensúlyozza a terrorizmus támasztotta kihívást.
A CIA és az FBI vezetői nyilvánosan megkérdőjelezték, vajon nem kerül-e túlságosan sok eszköz a minisz-térium kezébe a terrorizmus elleni harchoz. Az FBI egyik korábbi nyomozója a közelmúltban ugyancsak bírálta a körzeti irodák ügynökeire vonatkozó új szabályzatokat, amelyek lehetővé teszik, hogy előzetes központi engedély nélkül terrorellenes vizsgálatokat kezdjenek. "Aggódom, hogy esetleg hat-hét év múlva, amikor a kongresszusnak már öt-hat arab-amerikai tagja lesz, behívatnak, és rám sütik, hogy az ő embereik ellen tettem lépéseket" – mondotta. Paul R. Pillar, a CIA Terrorizmus Elleni Központjának volt igazgatóhelyettese, jelenleg magas rangú hírszerző tiszt kifejtette: "Amennyiben az Egyesült Államok eléggé szerencsés lesz és sikerül elkerülnie egy újabb nagyarányú terrortámadást, a terrorizmus elleni harc már nem lesz elsődleges szempont." Majd feltette a kérdést: ha a figyelem ismét az emberi jogokra, a magánéletre és a belföldi hírszerző tevékenységre összpontosul, mi történik azzal a hírszerző tiszttel, aki "most vállalja a kockázatot, és olyan toborzást folytat, amely vitákra adhat okot"?
Nemcsak a hírszerzés illetékesei, de jó néhány polgári jogokért küzdő szervezet is harcol azért, hogy a nyomozó szervek ne kaphassanak olyan hatáskört, amely veszélyezteti az alkotmány biztosította szabadságokat. Mások viszont hajlandóak feladni bizonyos előnyöket a nagyobb biztonság érdekében.