Már hatalomra kerülése is kérdéseket vetett fel, hiszen elődje XVI. Benedek a lemondását minden jel szerint nem önszántából tette, hanem vatikáni érdekcsoportok kemény nyomásának engedve. A kényszer hatására történő lemondás azonban nem tekinthető érvényesnek, ezért sokan továbbra is Benedeket tartják a törvényes egyházfőnek, és megkérdőjelezik Ferenc hatalmának legitimitását.
A római katolikus egyházon belül ekkorra már évtizedek óta ádáz küzdelem zajlott az addigi tanrendszert és liturgiát változatlanul fenntartani akaró konzervatív szárny és az erkölcsi liberalizmust a hivatalos egyházi állásfoglalásokban is érvényesíteni szándékozó modernista irányzat között. Ennek a harcnak 2013 februárjára az lett az eredménye, hogy a konzervativizmusáról híres Benedek távozni kényszerült a pápai trónról.
Az Argentínából érkező új egyházfő személyére korábbi pályafutásának tisztázatlan fejezetei is árnyékot vetettek. Elsősorban az argentin katonai diktatúra alatt, az 1976 és 1983 közötti úgynevezett „piszkos háború” idején a hatalommal folytatott együttműködése kérdéseket vetett fel. A katonai junta kegyetlen uralma alatt harmincezer ember tűnt el, százötven papot hurcoltak el és gyilkoltak meg, és eközben a római katolikus egyházi vezetés mélyen hallgatott. Jorge Mario Bergoglio (azaz a későbbi Ferenc pápa) ekkor az argentin jezsuita rendtartomány főnökeként dokumentumok tanúsága szerint többek között két saját rendtársát is kiszolgáltatta a katonai rezsim hatóságainak.
A szellem erejével: az okkultizmus harca a kereszténységgel
Mítoszoktól, misztériumoktól és babonaságoktól sűrűn átszőtt szellemi-vallási közegbe robbant bele a kereszténység »
Pünkösd után: a karizmák titkai
Hogyan alakult a Szentlélek ajándékainak megítélése az elmúlt 2 ezer évben »
Nők a pünkösdi mozgalomban
Növekvő szerepvállalás és alakuló trendek az Egyházban »