Egyesek szerint János evangéliumának, a három János-levélnek és a Jelenések könyvének szerzője nem is ugyanaz, például az Apokalipszis lejegyzőjét a bibliakritikus teológiai szakirodalom egyszerűen csak „patmoszi látnokként” nevezi meg. Sokan az evangélium keletkezését is a második századra teszik, mondván, hogy sok benne a „gnosztikus elem” (például a jó és a gonosz, a világosság és a sötétség harca). Ez utóbbi feltevést meggyőzően cáfolta egy mindössze 9 x 6 cm-es papiruszdarabka, amely a manchesteri John Rylands Könyvtár legféltettebb kincse. Az 1920-ban a kairói régiségpiacon vásárolt szövegtöredék egyértelműen János evangéliuma 18. fejezetének egy részét tartalmazza, és a szaktudósok szerint Hadrianus idején (Kr. u. 117–138) keletkezett. Ez a tény pedig kétségbevonhatatlanul megcáfolja az evangélium késői keletkezéséről szóló áltudományos teóriákat, minthogy a feltehetően Kis-Ázsiában (talán Efeszoszban) keletkezett evangéliumnak még el is kellett jutnia az Egyiptom földjén működő keresztény gyülekezetekhez! Ma tehát az tűnik józan álláspontnak, ha János evangéliumának keletkezését Domitianus uralkodásának idejére (Kr. u. 81–96) tesszük.
Szimbólum vagy valóság?Olyan szkeptikus tudósok, mint a 20. század elejének nagy tekintélyű francia jezsuita teológusa, Alfred Loisy (1857–1940) azzal próbálták a negyedik evangélium hitelét megingatni, hogy azt hangoztatták: bizonyos jeruzsálemi helyek, melyekről János Jézus működésével kapcsolatban beszámolt, nem is léteztek a valóságban. Az elmúlt fél évszázad régészeti kutatásai azonban porig rombolták ezeket az elméleteket, mivel napnál világosabban bebizonyosodott, hogy ezek a jeruzsálemi helyszínek nagyon is léteztek a valóságban. Bizonyos szkeptikus tudósok egészen odáig merészkedtek, hogy kijelentették: a negyedik evangélium szerzője sosem járt abban a városban, amit a rómaiak Kr. u. 70-ben a földdel tettek egyenlővé. Az olyan helyszínek, mint az öt oszlopcsarnokkal körülvett Bethesda-medence (János evangéliuma 5. fejezet) vagy a Siloám-tó (János evangéliuma 9. fejezet), a szerző fantáziájának szüleményei, s csupán annyi szerepük van a történetekben, hogy Jézus cselekedeteinek „szimbolikus jelentőségét” kiemeljék.
A bibliai régészet fejlődése azonban az elmúlt évtizedekben már sok ilyesfajta állításról bebizonyította, hogy a Biblia szereplői, helyszínei és eseményei nagyon is valóságosak. A „bizonyítást” természetesen nem úgy kell értenünk, hogy a régészet – vagy bármely más tudomány – képes lenne igazolni azt, hogy a Biblia Isten kinyilatkoztatása. Ahogy Avraham Biran, a jeruzsálemi Hebrew Union College régészprofesszora mondta egykor: „A Bibliának mint isteni inspirációnak nincs szüksége bizonyítékokra.” A bibliai kinyilatkoztatás kritikájára vagy annak nyílt tagadására felépült történeti-teológiai konstrukciók cáfolatát azonban a bibliai tudományok és a régészet összekapcsolódása nagyon is lehetővé teszi. James H. Charlesworth, az újszövetségi nyelv és irodalom Princetonban működő professzora egy nemrégiben tartott jeruzsálemi előadásán egyenesen amellett érvelt, hogy János evangéliuma a nagy zsidó háború (Kr. u. 66–73) előtt keletkezett.