A Magyar Királyság területén a zsidóknak a szabad királyi városokból történt kiűzetése után elenyésző számú zsidó maradt, akik a nyugat-magyarországi nagybirtokokon, földesúri védelem alatt telepedtek le. A nagybirtokosok számára hasznos és nélkülözhetetlen volt a zsidók tevékenysége, akik értékesítették a majorságokban megtermelt árut, bérelték a földesúri regálékat, szükség esetén kölcsönt nyújtottak uruknak.
Három ország, három sors
A reformáció terjedése Magyarországon is megrendítette a katolikus Habsburgok uralmát. A lutheri irányzat főleg a Felvidék német, magyar és szlovák népessége, elsősorban városi polgársága körében terjedt el, míg a kálvinizmus inkább a többi országrész magyar nemessége körében. A protestáns önvizsgálat magyarázatot keresett az országot ért tragédiára, a fél évszázada még virágzó ország szétszakadására. Farkas András „Az zsidó és magyar nemzetről" című munkájában (1538) a magyarok bűneivel, a nagyurak és a katolikus egyházfők megromlott erkölcsével, vagyonszerzésével és pártoskodásával magyarázta a török veszedelmet, mint Isten jogos ítéletét.