Mátyás megszüntette az országos zsidóbíró tisztségét, s helyette a zsidóprefektúra intézményét hozta létre, amely 1526-ig állt fenn. A hivatal élére Európában egyedülálló módon zsidó főtisztviselőt (praefectus Iudaeorum) nevezett ki a budai Mendel Jakab személyében, aki 1516-ig látta el feladatát, majd tisztsége a Mendel családban öröklődött. Az először 1482-ben említett prefektus közvetített az uralkodó s az ország zsidósága között, fő feladatát az adók felosztása és beszedése jelentette.
A védelem megszűnt
A Mátyás halálát követő zavaros időszakban, II. Ulászló (1490–1516) uralkodása alatt a városi polgárság több helyen is erőszakosan lépett fel a zsidók ellen (Pozsony, Buda, Sopron, Tata). 1494-ben Nagyszombatban elsőként rendeztek vérvádpert Magyarország történetében. Az eseményekről részletesen beszámolt Antonio Bonfini A magyar történelem tizedei című művében, hitelt adva a szörnyű vádaknak. A zsidókat rituális gyilkossággal vádolták meg egy keresztény gyermek eltűnésével kapcsolatban, akit a zsidó utcában láttak utoljára. A gyanúsítottak a kínvallatás hatására „beismerték”, hogy a zsinagógában megfojtották a gyermeket, majd ereit felmetszették, a vérét részben megitták, részben pedig félretették. A vérre állítólag négy okból volt szükségük: körülmetélésnél vérzéscsillapításra, menstruáció gyógyításához, szerelmi szer elkészítéséhez, valamint istenáldozathoz, melyet ebben az esztendőben a zsidók Nagyszombatban tartottak. Az ítélet következtében szeptember 8-án (elul hó 20-án) 14 zsidót (12 férfit és 2 nőt) küldtek máglyára. A kivégzés előtt keresztény papok és szerzetesek a keresztség felvételére biztatták az elítélteket, enyhébb büntetést vagy esetleges felmentést ígérve számukra, akik azonban valamennyien visszautasították az ajánlatot.
Tökfejek, boszorkányok, szellemek és csontvázak: honnan ered a Halloween valójában?
Több ezer éves hagyományokból épül fel a pogány szelleműző ünnep »
‘56 egy párizsi gyermek szemével
Külföldön is hatalmas izgalommal követték az akkori eseményeket »
Újév, rettenetes napok és a bűnbánat ereje
A rós hásánát követő időszak a önvizsgálat, bűnbánat, bűnvallás és a megtérés ideje »