Maga a szerződés két állam között köttetik: az egyik államban államvallásként működő egyház másik államban megvalósuló közszolgálati és hitéleti tevékenységének finanszírozásáról, plusz „néhány vagyoni természetű kérdésről”. A Szentszék és Magyarország között megszületett megállapodás módosításának előkészületei a nyilvánosság kizárásával zajlottak, és az ünnepélyes októberi aláírással egy időben sem tudhatta meg a közvélemény, mit is ünnepelnek a két fél képviselői – Semjén Zsolt miniszterelnök-helyettes és Alberto Bottari de Castello apostoli nuncius – a Parlamentben. Semjén Zsolt a jogszabályi környezet alapvető megváltozásával indokolta a módosítást (új az Alkotmány, az egyházügyi és a közoktatási törvény, valamint számos adójogszabály), ami magyarra fordítva azt jelenti, hogy a katolikus egyház állami finanszírozását igazították hozzá az új lehetőségekhez.
Ilyen például – amiért a Magyar Katolikus Püspöki Kar korábban nagyon aggódott –, hogy a katolikus hittant oktatók díjazását az állam a pedagógusbér átlagával azonos mértékben támogassa, vagy hogy a hit- és erkölcstan tankönyvek állami dotációja ne maradjon el az erkölcstan tankönyvekétől.
Míg a konkordátum korábbi verziójában csak az egyházi közoktatási intézményeknek az államival vagy önkormányzatival azonos szintű támogatása volt garantált, a módosított verzióban ez már a katolikus felsőoktatási intézményekre is – ideértve úgyszintén a kollégiumokat és diákotthonokat – kiterjed. Az eddig minimum 50 százalékos fenntartási hozzájárulás ezentúl 100 százalékos lesz. Született egy új viszonyszám is, melynek értelmében a teljes magyar, államilag finanszírozott, nem hitéleti felsőoktatás minimum 5 százaléka a jövőben katolikus kell, hogy legyen (ez korábban az 1997-es tanév első évfolyamára beiratkozottak száma alapján alakult).