Romániai deportálása alatt Nagy Imre írásba foglalta a forradalommal kapcsolatos gondolatait. Kádár János bábkormányáról azt írta: „Van-e a szolgalelkűségnek alávalóbb megnyilvánulása, mint az októberi események ellenforradalommá alacsonyítása, a magyar nép legnemesebb törekvéseinek bemocskolása?... A mainál szolgalelkűbb vezetése még aligha volt az országnak és a pártnak.
A magyar nemzeti érdekeket éppúgy nem képviselik, mint hazaáruló elődjeik, akiknek nyomdokain haladnak, és méltó utódaiknak bizonyultak… A magyar nemzeti tragédia Rákosival indult el, és Kádárral teljesedett be. Olyan bűnt követett el a nemzet ellen, amelyet ő már nem tehet jóvá soha: hazaáruló.” Nagy Imre a szovjet vezetést sem kímélte: „láthatjuk, miért volt szükség az ellenforradalmiság hazug koncepciójára. Azért, hogy ezzel indokolja és magyarázza a szovjet kormány és az SZKP a semmivel sem indokolható és meg nem magyarázható fegyveres beavatkozást, az ország megszállását, a törvényes nemzeti kormány elleni összeesküvést és annak fegyveres elűzését.” (Nagy Imre: Snagovi jegyzetek)
Nagy Imrének nem volt illúziója a konstruált per végkifejletét illetően, így kegyelmet sem kért. A kihirdetett verdiktre ekként reagált a zárt tárgyaláson: „A halálos ítéletet, amelyet rám az igen tisztelt Népbírósági Tanács kirótt, én a magam részéről igazságtalannak tartom, indokolását nem tartom megalapozottnak, és ezért a magam részéről, bár tudom azt, hogy fellebbezésnek helye nincs, elfogadni nem tudom. Egyetlen vigaszom ebben a helyzetben az a meggyőződésem, hogy előbb, vagy utóbb a magyar nép és a nemzetközi munkásosztály majd felment azok alól a súlyos vádak alól, amelyeknek súlyát most nekem kell viselnem, amelyek következményeként nekem életemet kell áldoznom, de amelyeket nekem vállalnom kell. Úgy érzem, eljön az idő, amikor ezekben a kérdésekben, nyugodtabb légkörben, világosabb látókörrel, a tények jobb ismerete alapján igazságot lehet szolgáltatni az én ügyemben is. Úgy érzem, súlyos tévedés, bírósági tévedés áldozata vagyok. Kegyelmet nem kérek.”
Az ítéletet – fellebbezés kizárásával – 1958. június 15-én 17 órakor hirdették ki, majd még aznap este 23 órakor közölték az elítéltekkel, hogy másnap már ki is végzik őket, mivel egyiküket sem tartják „kegyelemre méltónak”. A három elítéltet hajnali 5 órakor vezették a vesztőhelyre. A kivégzési jegyzőkönyv rögzíti:
„a kiküldött bíró az elítélteket az ítélet végrehajtása céljából átadja az ítéletvégrehajtónak azzal, hogy teljesítse a kötelességét. Az ítéletvégrehajtó és segédei Nagy Imre elítélt kivégzését 5 óra 9 perckor, Maléter Pál elítélt kivégzését 5 óra 12 perckor, Gimes Miklós elítélt kivégzését 5 óra 14 perckor megkezdték, és annak befejezését a kiküldött bírónak jelentették. Kiküldött bíró felhívja az orvosokat, hogy a halál beálltáról győződjenek meg. Az orvosok jelentik, hogy Nagy Imre elítélt szíve 5 óra 16 perckor, Maléter Pál elítélt szíve 5 óra 24 perckor, Gimes Miklós elítélt szíve 5 óra 28 perckor megszűnt dobogni… Fél óra múlva a kiküldött bíró utasítására az orvosok az elítélteket újra megvizsgálták és jelentik, hogy a halál bekövetkeztét ismételten megállapították. Kiküldött bíró az eljárást befejezettnek nyilvánítja azzal, hogy a végrehajtás során felmerült 120,- Ft orvosi költség a költségjegyzék alatt nyert feljegyzést.” A nyilvánosság csak a Népszabadság másnapi, június 17-ei számából értesült Nagy Imréék elítéléséről és kivégzéséről.
A „temetés” is titokban történt. Először a helyszínen, a Kozma utcai Kisfogház udvarán földelték el az áldozatokat, kiselejtezett irodabútorokat és limlomokat hányva nyugvóhelyük fölé. Innét szintén titokban, 1961 februárjában a holttesteket (köréjük kátránypapírt drótozva) a szomszédos új köztemető 301-es parcellájába szállították át, ahol hamis nevek alatt (Nagy Imrét „Borbíró Piroska” fedőnéven) ismét jeltelen sírokba ásták el. Ez a gazzal benőtt, félreeső parcella volt a megtorlás számos áldozatának nyugvóhelye, ahol egészen az 1989-es újratemetésig jelöletlen, azonosíthatatlan sírok rejtették a földi maradványaikat. Csak a több tucat besüppedt gödörből lehetett sírokra következtetni.
A sírok felkutatása 1988-ban kezdődött, Nagy Imréék újratemetésére 1989. június 16-án került sor. A Legfelsőbb Bíróság 1989. július 6-án megsemmisítette a korábbi ítéletet és felmentette a vádlottakat. Az 1990-es átalakulás pártjai hitet tettek az 1956-os forradalom és szabadságharc öröksége mellett. Ennek ellenére a per iratanyaga csak tizennyolc évvel később 2008-ban, és csak civil erőfeszítésre – az OSA Archívumnak és az 1956-os Intézetnek köszönhetően – vált nyilvánossá. A tömeggyilkosságban fogant Kádár-rendszer fenntartásában segédkező ügynökvilág személyi körére, tevékenységére vonatkozó adatokat pedig azóta is gondosan rejtegeti a mindenkori hatalom.