Simicskó István (Fidesz) szerint bármely "állami és más szervtől" kérhetnének iratokat – a lényeg az, hogy azok hitelesek legyenek –, hiszen a működésüket szabályozó határozat szerint elsődleges feladatuk annak kiderítése, hogy "léteznek-e a nyilvánosságra került dokumentum(ok) mellett további olyan dokumentumok, melyek a miniszterelnök titkosszolgálati múltjára és tevékenységére vonatkoznak; amennyiben léteznek, akkor azoknak mi a tartalma". Az a tény, hogy a következő bekezdés felsorolja a Belügyminisztériumot, a Történeti Hivatalt és a Nemzetbiztonsági Hivatalt, nem jelenti azt, hogy máshonnan nem kérhetnek adatokat – állították joggal az ellenzékiek, mivel azonban a kormánypártiak ezt nem akarták megérteni, mintegy másfél óra telt el a kérdés körüli vitával. További vita tárgyát képezte, hogy van-e joga a bizottságnak "vallomástételre" felszólítani bárkit is, és eltértek az álláspontok esetleges "helyszíni szemle" tartásától a munka során.
Simicskó végül emlékeztetett arra, hogy a D–209-es ügy kirobbanását követően Medgyessy – legalábbis a kormánypártok szerint – megnyugtatóan tisztázta magát az MSZP- és az SZDSZ-frakció előtt, ebből fakadóan a kormánypárti delegáltaknak sem lehet félnivalójuk a bizottság alapos munkája miatt.
A kormánypártiak viszont azt rótták fel Balogh Lászlónak, hogy már az első hivatalos ülést megelőzően több levelet küldött ki – többek között Medgyessy Péternek is – a bizottság nevében. Balogh azzal válaszolt, hogy csak a munkát akarta gyorsítani az előttük álló "néhány nehéz hétben". A bizottság a fenti nézetkülönbségek miatt – lapzártánkig – nem tudta megszavazni saját ügyrendjét.
A rendszerváltás utáni kormánytagok esetleges pártállami titkosszolgálati múltját vizsgáló bizottságban – szemben a Medgyessy-bizottsággal – az ellenzékiek próbálták akadályozni a munkát, legalábbis a szocialista Tóth Károly szerint. A fideszes Répássy Róbert ugyanis azt javasolta, forduljanak ombudsmanhoz az eredmények közzététele előtt, nehogy személyes, illetve nem közérdek? adatok kerüljenek nyilvánosságra. Tóth ezzel szemben úgy vélte, a bizottság eleve közérdek? adatokat fog kapni, így nem is lesz képes másfajta adatok közzétételére.
Mécs Imre (SZDSZ), a bizottság elnöke osztja Tóth álláspontját: "Észrevehető, hogy az ellenzék megkísérli a munka lassítását – mondta a Heteknek –, ezért a legutóbbi ülésünkön abban maradtunk, hogy a határozatban előírt adatgyűjtés teljes gőzzel induljon meg, és ezzel párhuzamosan szakértők és arra hivatott szervek megkérdezésével vizsgáljuk meg a felmerült aggályokat."
Becslések szerint a bizottság körülbelül százötven fő múltját vizsgálja majd, ugyanis politikai államtitkári szintig ennyien vállaltak kormányzati szerepet 1990-től napjainkig. A pontos listát a Miniszterelnöki Hivatal állítja össze, és – ígéretük szerint – a hét közepén juttatja el a bizottsághoz. Ezt követően a bizottság levélben értesít minden felsorolt személyt arról, hogy vizsgálat indult vele kapcsolatban, majd írásban kérik a Történeti Hivatalt, a Belügyminisztériumot és a titkosszolgálatokat felügyelő kancelláriaminisztert az illetőkkel kapcsolatos minden irat átadására. A kutatás során az érintettek valamennyi titkosszolgálati, állambiztonsági kapcsolatát vizsgálják a pártállami időkből: voltak-e hivatásos tisztek, aláírták-e az együttműködést, adtak-e jelentést, illetve jutottak-e bármilyen előnyhöz tevékenységükért cserébe. A tervek szerint az eredményeket nyilvánosságra hoznák, ellentétben tehát a korábbi III/III-as átvilágítással, az érintettek közéleti szerepükről történő lemondásuk árán sem mentesülnének múltjuk "közkinccsé" tételétől. Ezen felül azonban semmilyen jogkövetkezményt nem von maga után az átvilágítás.
Arra a kérdésre, mi a garancia az egyenlő bánásmódra – vagyis arra, hogy a szolgálatok mindenkiről átadják a fellelhető dokumentumokat – Mécs Imre kijelentette: "Ha jogállam van, nem szelektálhatnak. A szolgálatok a jelenlegi kormány felügyelete alatt vannak, a kormány pedig eltökélt abban, hogy ennek a kérdésnek a végére járjon." A megnyugtató eredmény érdekében a bizottság ellenőrzéseket fog végezni, és ugyanerre kérik az illetékes minisztereket is. "Én bízom abban, hogy tizenkét év alatt kialakult már olyan köztisztviselői mentalitás ezen a területen is, hogy fel sem merül bizonyos iratok eltüntetése" – tette hozzá Mécs Imre.