Semjén sajátos kettősséget lát megvalósulni az egyházi intézményeknél, hiszen egyrészt vallási közösségekről van szó, ahol az állam köteles biztosítani a transzcendens küldetés betöltéséhez szükséges eszközöket, másrészt viszont közfeladatot is ellátnak, melyből az következik, hogy az állam fillérre pontosan ugyanúgy kell finanszírozza, mint az állami intézményeket. Ha nem így tesz, akkor például iskolák esetében gyerek és gyerek között, kórház esetében beteg és beteg között tesz különbséget, vagyis az egyik állampolgárt hátrányosan megkülönbözteti a másiktól – állítja Semjén, kiemelve, hogy a kormány nem tekintheti másodrend? állampolgároknak az egyházak tagjait.
A történelmi egyházak és az állam között létrejött szerződésekről elmondta, hogy azok "a századok összeomlásáig be vannak betonozva" úgyhogy, ha ne adj Isten száz év múlva jönne egy balos kormány, akkor sem lehet egyiket a másik nélkül felbontani. Éppen ezért olvasta át a reformátusokkal kötött szerződés előtt az összes eddigi konkordátumot, hogy azok eszenciája kerüljön bele a megállapodásba, melyet azóta – állítólag – a Vatikán is mintának tekint más európai országokkal megkötendő szerződéseinél.
Az államtitkár több olyan dologra is büszke, mely ténykedéséhez köthető. Csak ebben a ciklusban több pénzt költöttek egyházi ingatlanra, mint az előző két kormány együttvéve, és az ingat-
lan-visszaadások száma is megduplázódott (1700 darab). Mindehhez természetesen a szükséges pénzeszközöket is biztosították, idén történetesen hatmilliárd forint volt a keret. Örökjáradék gyanánt százmilliárd forintot biztosítottak a nagyegyházaknak, továbbá tehermentesítették az áfakötelezettség alól az egyházi építkezéseket, és mivel méltatlan volt romokat visszaadni, ezért bevezették, hogy az egyházi ingatlan ugyanúgy pályázhat támogatásért, mint az állami műemlékek, természetesen az erre kitalált plusz négymilliárdos állandó évi kereten felül. Hazánk templomainak kétharmadát már kitatarozták, "de hát ötven év diszkriminációját nem lehet három év alatt pótolni" – szólt bocsánatkérően hallgatóságához Semjén. Aztán itt van még a Széchenyi Tervben félretett "óriási pénz" is az egyházi jelleg? idegenforgalom kiaknázására, melyben külön orgo-nafelújítási keret van, és jut belőle egy most induló programra is, melynek keretében az ország öszszes templomát ki fogják világítani állami pénzből – ígérte huszonöt fős, többnyire időskorú hallgatóságának.
Csalódottságának adott hangot, hogy nem sikerült "élete fő műve", a lelkiismereti és vallásszabadságról szóló törvény módosítása, de sebaj, hiszen jövőre úgyis abszolút többséget szerez a jobboldal, és akkor majd minden kétharmados törvényt keresztülvisznek a parlamenten. A következő ciklusban tehát, "ha esik, ha fúj", egyszer s mindenkorra kirakják az egyházak közül a gazdasági társaságokat, továbbá nem jegyzik be az "őrültségeket valló csoportokat", a konkrét állami támogatásoknál pedig differenciálni fognak a történelmi egyházak és a tegnap kitalált vallási közösségek között. "A Kövér Laci NBH-minisz-terként már megmondta, hogy ha egy terroristaszervezet vagy a titkosszolgálat igazán jó fedőszervet akar csinálni, akkor egyházat alapít" – indokolta meg terveit az államtitkár.
Semjén számára egyházi diplomáciájának csúcsát jelentette, amikor a bizánci egyház feje augusztus 20-án a Bazilika előtti téren ismerte el "a mi Szent Istvánunkat keleti szentnek". A közönségtől érkező bókokat azzal hárította el magától, hogy az esemény tőle származó ötlete valójában a Gellért sörözőben született meg, ebből is látszik: "a Lélek ott fúj, ahol akar".