Molnár nem szerette azokat, akik az életéről akartak feljegyzéseket gyűjteni. Rendszerint elzárkózott minden felvilágosítás elől. Az egyik, kicsit tolakodóbb biográfusnak így válaszolt: „Idehallgasson, barátom! Engem egyáltalán nem érdekel, hogy eddig mi történt velem. Ha örömet akar nekem szerezni, azt írja meg, hogy ezután mi lesz.”
Neumann Ferencként 1878-ban született egy német zsidó nagypolgári családban. Édesapja, Neumann Mór orvos volt, és ebben a minőségében igen ismert. Egyrészt ő volt az első ismert üzemorvos, a Ganz-gyárban ügyelt a dolgozók egészségére. Kevésbé ismert, hogy magyarországi tartózkodása idején, miközben a budapesti Nyugati pályaudvaron dolgozott, őt választotta háziorvosának az a Gustav Eiffel, aki a híres párizsi tornyot tervezte. Neumann ugyanakkor tartotta a zsidó vallást, és fiát is magával vitte a Dohány utcai zsinagóga istentiszteleteire. Az édesanyjáról az a legenda járta, hogy egyszer a Margitszigeten találkozott Arany Jánossal, aki néhány sort írt az emlékkönyvébe, és megdicsérte szép magyar beszédéért. Maga Molnár arra emlékezett, hogy a rengeteget olvasó édesanyjától örökölte az olvasás és az irodalom szeretetét. A fiú rendszeresen szerkesztőséget rendezett be a lakásukban, vagy éppen színházat játszott, Böske húga nagy örömére. Középiskolába, a kor kozmopolita hagyományainak megfelelően, a budapesti Lónyay utcai Református Gimnáziumba járt, ahol az utolsó évben diáktársai megválasztották az önképzőkör elnökének is. Jó tanulónak számított, és végzős korára tanárai, illetve a környezet hatására egyértelművé vált, hogy az irodalom felé vezet az útja. Ennek ellenére szülei akaratának engedve egy évet eltöltött a genfi, majd még egy kis időt a budapesti jogi egyetemen.
Már végzős gimnazista korában jelentek meg rövid írásai a Pesti Hírlapban, majd később a Budapesti Naplóban. 1895-ben hivatalosan is felvette a Molnár Ferenc nevet. Első regénye 1901-ben jelent meg Az éhes város címmel. Már ebben a művében is a budapesti polgárság, nagypolgárság a vezérfonal, amely később szinte valamennyi írásának fő tárgya lesz. Még ugyanebben az évben egy lírai kisregényt is megjelentett, de a sikert (annak ellenére, hogy Az éhes városra többen felfigyeltek) egy gyerekregény hozta meg neki. 1905-ben a Tanulók lapja kérésére kezdte el írni a diáktörténetet, amely könyv formában csak 1907-ben került az olvasók kezébe: A Pál utcai fiúkat, amelyet az elmúlt fél évszázadban lényegében minden magyar ember elolvasott. A grundért küzdő fiúk és csoportjaik, akár maguk a Pál utcaiak vagy éppen a rivális vörösingesek a korabeli magyar társadalom legátfogóbb képét rajzolják meg. A történet cselekménye lebilincselő, szimbolikája pedig nagyon sokrétű. Schöpflin Aladár, a kor híres műkritikusa a következőt jegyezte meg a regény kapcsán: „Egyetlen hőse a kis házmesterfiú, Nemecsek, A Pál utcai fiúkban. Csak egy gyermekben tudja meglátni a hősi önfeláldozásra való lelki erőt. A többiek gyengék és gyávák ehhez. Ezeket a kis emberkéket aztán keblére öleli Molnár, megérti fájdalmukat, szeretettel simogatja őket és játszik velük.”