A pápa Kölnben ellátogatott a helyi zsinagógába is, ahol héber köszöntéssel ("salom alechem") üdvözölte a jelenlévőket. XVI. Benedek beszédében szólt a holokausztról is, amelynek "egy őrült rasszista ideológia" nyitott ajtót. A pápa hangsúlyozta, hogy az európai zsidóság szisztematikus kiirtására törekvő eszme "a neopogányságból született". Benedek szerint a katolikus egyház továbbra is küzdeni fog a – különösen a fiatalok körében terjedő – antiszemitizmus és a rasszizmus ellen.
A kölni zsinagóga vezetője, Abraham Lehrer beszédében arra sürgette a pápát, hogy elődei mulasztását pótolva nyissa meg a Vatikáni Levéltár második világháborús archívumát. Az 1939–45 közötti iratok közzététele válasz lehetne a kritikákra, mondta Lehrer. Az elmúlt években sok vád érte a Vatikánt, hogy el akarja titkolni a háborús években hallgatásba burkolózó XII. Pius felelősségét abban, hogy a világ nem szerzett időben tudomást a náci "végső megoldás" beindításáról.
Időközben egy texasi ügyvéd azt sürgette, hogy Bush elnök függessze fel XVI. Benedek pápa diplomáciai mentességét, hogy tisztázható legyen szerepe egy pedofil bűncselekmény állítólagos eltitkolásában. Daniel Shea texasi ügyvéd a Juan Carlos Patino-Arango nev? szemináriumi diák által megrontott három kiskorú ügyében látja el az áldozatok védelmét. A kolumbiai származású Arango – aki ellen letartóztatási parancs van érvényben, de mindeddig nem sikerült elfogni – a houstoni Szent Ferenc templom szeminaristájaként még a kilencvenes évek közepén molesztálta a három kisfiút.
Shea szerint XVI. Benedek még Ratzinger bíborosként az ehhez hasonló ügyek eltussolását javasolta a katolikus bíborosoknak – erre utal Ratzingernek a Hittani Kongregáció vezetőjeként 2001 májusában írt latin nyelv? levele, amelyben arról tájékoztatta a bíborosokat, hogy az egyházi személyek kiskorúak ellen elkövetett szexuális visszaéléseivel kizárólag a Hittani Kongregáció foglalkozik majd. Shea szerint a latin nyelv? levél arra szólít fel, hogy az említett ügyeket diszkréten, a gyónási titokhoz hasonlóan kezeljék, még tíz évig azután, hogy az áldozatok nagykorúvá váltak.
A texasi ügyvéd által kezdeményezett eljárás kellemetlenségekkel járhat az amerikai Külügyminisztérium és George Bush elnök számára is. Daniel Shea a héten ugyanis azt kérte az elnöktől, hogy utasítsa vissza a pápa diplomáciai mentessége iránti kérelmet. Gerry Keener külügyi szóvivő szerint a pápának nem kell mentességet kérnie, és Bush elnöknek nem kell azt megadnia, mivel a Vatikán egy állam, így az állam vezetője automatikusan diplomáciai mentesség alá esik. Daniel Shea azonban vitatja a külügyminisztérium álláspontját, szerinte a Vatikán nem csupán állam, hanem egy egyház. Abban az esetben, ha a bíróság ezt nem fogadja el, az ügyvéd az Egyesült Államok alkotmányának első kiegészítése alapján kezdeményezni fogja a Vatikán államként való elismerésének felülvizsgálatát. Shea azonban kifejtette: ezt a lépést nem kell megtennie, és legkésőbb az év végéig – akár Rómában – sor kerülhet a pápa bírósági meghallgatására.