1971 augusztusában a tizenkét fős legénységű, Lev Berg nev? kutatóhajó vízmintákat és planktonokat gyűjtött az Aral-tavon. Augusztus közepén a hajó kikötött a tó északi partján fekvő Aralszkban, ahol a kutatócsoport huszonnégy éves biológusát magas lázzal és himlőszer? kiütésekkel szállították kórházba. Mivel a Szovjetunióban 1960 óta nem volt himlős megbetegedés, és emiatt a helyes diagnózis – mely szerint himlővel állnak szemben – csak későn született meg, augusztus végére a biológus kilencéves testvére és még további tíz ember is elkapta a betegséget. A járvány megakadályozása érdekében a moszkva–alma-atai vonalon közlekedő vonatok nem álltak meg Aralszkban, a betegekkel kapcsolatba került mintegy kétszázötven személyt egy sátortáborban különítették el, a környéken pedig további negyvenháromezer embert oltottak be himlő ellen. A járványban meghalt három személy, köztük két csecsemő; egyikük sem volt beoltva himlő ellen.
A járványról készült hatvanoldalas hivatalos jelentés szerint a himlő a kutatóhajó útja során érintett valamelyik kazah vagy üzbég kikötőben kerülhetett fel a hajóra. Ennek ellentmond az a tény, hogy a biológus – nő lévén – egyetlen kikötőben sem hagyhatta el a hajót. A hajó ugyanakkor az engedélyezett negyven kilométer helyett tizenöt kilométerre közelítette meg a Vozrozsdenyije- (Megújulás-) szigetet, ahol 1936 óta folytak biológiaifegyver-kísérletek. Ezek során különböző halálos kórokozókat – anthraxot, tularémiát, pestist – engedtek szabadon a levegőbe. A Moscow News egyik tavaly novemberi interjújában Pjotr Burgaszov, a szovjet biológiaifegyver-program egykori tábornoka beszámolt arról, hogy 1971-ben a szigeten egy nagyon fertőző himlővariánst teszteltek. A tábornok visszaemlékezése szerint a szigeten mintegy négyszáz grammnyit tároltak a kísérleti variánsból, a kísérletek során pedig történt néhány "titokzatos" baleset is; ezeket azonban nem részletezte.
Az 1971-es járványról beszámoló Alan P. Zelikoff, az új-mexikó-i Sandia National Laboratory nev? kutatóintézet biológiaifegyver-szakértője szerint minden jel arra mutat, hogy a Vozrozsdenyije-szigeten szabadon bocsátott himlő fertőzhette meg a kutatóhajó biológusát. Donald Henderson viszont, aki az Egészségügyi Minisztériumnak a bioterrorizmus ellen létrehozott csoportját vezeti, azt állítja, hogy a járvány okozója nem egy "elszabadult" biológiai fegyver, hanem egy természetes kitörés. Afganisztánban például ugyanebben az évben volt himlőjárvány. Henderson, aki a WHO-nak a himlő elleni "hadjáratát" is vezette, úgy véli: nem valószínű, hogy az aeroszolizált (porlasztott) vírus a forró klímában – amely a himlőnek nem kedvez – el tudta érni a hajót. Zelicoff szerint azonban a vírus éjszaka is megtehette a tizenöt kilométeres utat, és eközben fertőzőképes maradhatott. Raymond Zilinskas egykori iraki ENSZ-ellenőr, a Monterey Institute of International Studies kutatóintézet szakértője szerint az adatok azt a feltételezést támasztják alá, hogy a szovjetek komoly erőfeszítéseket tettek a himlő levegőben való terjesztése érdekében. Zilinskas azt mondja, hogy Oroszország továbbra is képes porlasztott himlőt előállítani.