Verbitsky több könyvet is írt az argentínai katolikus egyház és a hatalom kapcsolatáról. Ezekben többek között így ír: Orlando Yorio 1985-ben a katonai junta vezetőinek első perén így vallott Bergoglióról: »Biztos vagyok benne, hogy ő adta át a nevünket a hadseregnek.« Bergoglio ideológiai meggyőződésből támogatta a juntát. Az 1970-es évek elején a jobboldali peronista Guardia de Hierro (Vasgárda) szervezettel volt kapcsolatban, amelynek tagjai – a peronista adminisztráció más tagjaival együtt – a „Három A” (Argentin Antikommunista Alliansz) elnevezésű halálosztagokban szolgáltak. Ezek a különítmények már a katonai junta hatalomra jutása előtt megkezdték a hadsereg baloldali ellenzékének a likvidálását. Emilio Massera tengernagy, a haditengerészet parancsnoka és egyben a junta fő ideológusa az „eltűntek” vagyonának szétosztásában is alkalmazta a gárdát.
Yorio azzal vádolta Bergogliót, hogy „kapcsolatban állt Massera tábornokkal, akit arról tájékoztatott, hogy a gerillák egyik vezetője vagyok”. A junta a fennálló társadalmi renddel szembeni legkisebb ellenvéleményt vagy az üldözöttekkel való szolidaritás kifejezését is „terrorizmusnak” bélyegezte. Francisco Jalics egy korábbi könyvben azt állította, hogy Bergoglio megígérte neki, tisztázni fogja őket a hadsereg előtt, hogy nem „terroristák”. „Egy katonai tisztviselő későbbi vallomása, valamint 30 olyan dokumentum, amihez utólag jutottam hozzá, kétséget kizáróan igazolta előttem, hogy ez az ember nem tartotta meg az ígéretét, épp ellenkezőleg: ő továbbította rólunk a hamis vádakat a hadseregnek.”
Bergoglio nem volt hajlandó megjelenni a junta felelőseinek tárgyalásán, és a későbbi idézésekre sem reagált. Végül 2010-ben, amikor hajlandó volt részt venni a meghallgatáson, az áldozatok ügyvédjei szerint „kitérő és félrevezető” válaszokat adott. Bergoglio azt állította, hogy csak a diktatúra bukása után szerzett tudomást arról a gyakorlatról, hogy az elrabolt és eltüntetett anyáktól a szülés után elrabolták a csecsemőket. A nőket ezután kivégezték, a gyermekeket pedig katonai vagy rendőrtiszti családoknak adták. Több tanú hazugságnak nevezte ezt az állítást, mert elmondták, hogy a junta idején Bergoglio segítségét kérték az eltűnt családtagjaik felkutatásában.