Hóman 1932 októberétől 1942 júliusáig, egy rövid megszakítással, a vallás- és közoktatásügyi miniszter bársonyszékében ült. Az 1938. május–júliusi intermezzóban különleges megbízással tárca nélküli miniszterként az eucharisztikus kongresszus lebonyolítását felügyelte.
Hóman tisztában volt a szaktudósi és politikusi minőség összeférhetetlenségével. Első tárcavállalása előtt közölte Gömbös Gyulával, hogy nem akar politikával foglalkozni. „Gömbös ekkor garanciát adott nekem arra, hogy a kormánypártba be kell ugyan lépnem, de semmiféle pártpolitikai agitációban, propagandában vagy pártpolitikai életben részt vennem nem kell” – vallotta népbírósági perében.
A történetíró hitele
A tudomány és a politika közötti távolságtartást különösen fontosnak tartotta, amikor az 1930-as, 40-es évek fordulóját követően mindinkább kiderült, hogy szép számmal vannak olyan kollégái – így a legnevesebbek Mályusz Elemér és Baráth Tibor –, akik nem átallották, hogy szakismeretüket napi politikai célok szolgálatába állítsák. Hóman szükségesnek tartotta, hogy 1943 júniusában a Magyar Történelmi Társulat elnöki székéből részesítse élesre hangszerelt kritikában a politikai céloknak alárendelt műveket. Kifogásolta, hogy a „népi történetszemlélet” hirdetői „a fajiságot és a népiséget állítják a történet középpontjába, a népiségtörténetet a szellemtörténet helyébe, de adósak maradnak a két fogalom kifogástalan magyarázatával”. Tiltakozott az ellen, hogy a politikai nemzet fogalmát német és olasz mintára a népnemzet fogalmával helyettesítsék. Tekintettel arra, hogy 1943 júniusában Olaszország befolyása a tengelyen belül minden szempontból, így tudományosan is jelentéktelenné vált, nyilvánvaló, hogy Hóman csak udvariasságból és/vagy óvatosságból említette az olasz hatást, a megjegyzés éle a németutánzók ellen irányult. Hóman a népiségtörténetet és a fajelméletet a magyar történetírás számára használhatatlannak nyilvánította. „Ha a német és az olasz tudomány a népiség történetének előtérbe állításával látókörét kibővítette…, a magyar történetben ez a szemlélet nagyon könnyen a látókör szűküléséhez és a horizont összezsugorodásához vezetne… magyar síkon csak a politikai nemzet történeti fogalmára támaszkodva érthetjük meg nemzetünk múltját, és biztosíthatjuk jövőjét… a fajiság önmagában, benső lelki érzések, népi öntudat és történeti hivatástudat híján nem formál népiséget, nem alkot nemzetet.”
A történettudomány jellegéről szólva Hóman kiemelte, hogy az nemzeti tudomány, ami azonban „semmiképpen sem jelentheti bármily időszerű politikai célzatok érvényesítését”, a történetírónak, így Hóman, felül kell emelkednie a mindenkori napi politika látókörén. „Ma jelentős, sőt sorsfordító eszmék és törekvések múltba vetítése, bármilyen tiszteletreméltó, de a tudománytól idegen szempontok érvényesítése szép illúziókat teremthet, de semmiképpen nem vezet a múlt megismeréséhez és a jövő szolgálatához.” Sőt, az aktuálpolitikai szempontok érvényesítése azzal a veszéllyel jár, hogy a történetíró „elveszti hitelét, és megingatja a történelem megbízhatóságába vetett hitet”.
Kétségtelen, hogy Hóman kifejezetten történeti munkáiban gondosan került minden aktuálpolitikai utalást.
A tudós és a politikus azonban valahogy skizofrén módon mégis együtt élt benne. Miniszterként és képviselőként számos előadást és beszédet tartott, cikket, tanulmányt írt. Ezekben viszont hasznosította széles körű történelmi ismereteit, argumentációját minduntalan történeti adatokkal támasztotta alá. Így vezette le mintegy történelmileg determinált szükségszerűség gyanánt a tengely-, illetve a németbarát politika szükségességét Magyarország számára. S már megkövesedett meggyőződéséhez, a kizárólagos német orientáció elkerülhetetlenségéhez keresett érveket történeti ismeretei gazdag tárházából. Így esett bele maga is a történetírás és az aktuálpolitika összekapcsolásának csapdájába, amelytől pedig határozottan óvta kor- és kartársait.
Hóman 1930-ban írott, Külpolitikai irányok a magyar történetben című tanulmányában eleve elvetett bármiféle „mindig irreálisnak, a kétségbeesés politikájának bizonyult” keleti orientációt. Az orosz hatalommal kötött szövetség úgymond „megtagadását jelentené a nemzet történeti múltjának, és… maga után vonná népünknek felszívódását a környező szláv és oláh tengerbe…” Ezzel szemben a magyar történet a szerző által ekkor még „reálpolitikai értékűnek” minősített két nyugati irányú koncepciót termelt ki. Az egyik elgondolás a lengyel–magyar–horvát–olasz összefogás, amelyik a német hatalommal szemben defenzív, háttérben a francia avagy az angolszász szövetséggel. A másik elképzelés a német–római birodalommal, illetve a jelenkorban a német és olasz hatalommal való társulás. Hóman 1930-ban még korainak tartotta volna a választást e két irányelv között, s úgy vélte, hogy a „gyakorlati politikusok hivatottak eldönteni…, melyik biztat reális eredményekkel”.
Fegyverbarátság Berlinnel