Darwin ősei között akadtak orvosok és a természet titkait kutató tudósfélék is. Érthető, hogy az anyját fiatalon elvesztő, 1809-ben született Charlest orvosnak szánták, bár őt inkább a kémia (ezért is kapta a „Gáz” csúfnevet) és különösképp a botanika érdekelte. Később orvosi tanulmányait otthagyva és szigorú apjának engedelmeskedve Cambrigde-ben a Krisztus Kollégiumának hallgatójaként teológiát tanult. Ekkor még hiszi, hogy a „Biblia minden szava betű szerint és szigorúan véve igaz”. Noha diplomáját számára is meglepő módon kiváló eredménnyel szerzi meg, igazán nagy hatással J. S. Henslow tudós-pap, későbbi jó barátja botanikai és ásványtani előadásai vannak rá. Ő ajánlja be hamarosan az ifjú természetbúvárt egy különleges és hosszú kalandra, amely Darwin további életútját teljes mértékben meghatározza.
1831-ben fut ki Plymouthból a Beagle (vadászkopó) nevű kétárbócos, hogy Dél-Amerika és Óceánia hatalmas térségeiben földrajzi méréseket végezzen. Ugyanebből a kikötőből indult az Újvilágba két évszázaddal korábban a puritánokat szállító Mayflower is. Mindkét út egy új világ alapkövét rakta le: a puritánok Isten Országát akarták megalapítani; Darwin hajóútja éppen ellenkezőleg: az Isten nélküli világkép öntudatát alapozta meg. Az ötéves út alatt Darwin megismerte a bennszülöttek életét, gondosan megfigyelte és feljegyezte a változatos természeti tájakat és különböző élőlényeket. Dél-Amerika megkerülése után a csendes-óceáni Galapagos-szigetekhez érkeztek, ahol észrevette, hogy az itt található madarak (köztük az úgynevezett Darwin-pintyek) és egyéb fajok testfelépítése kisebb-nagyobb mértékben eltér a kontinensen élő fajtársaikétól: ez volt az egyik alapja a természetes kiválasztódás tanának, amit a mai tudomány sérthetetlen dogmaként értelmez. A szigetet elhagyva Ausztrália felé hajóztak (miután Új-Zélandon kiraktak egy misszionáriust), majd Fokváros és Szent Ilona szigete következett.
1836 őszén teljesen kicserélődve tér vissza útjáról: a korábban szétszórt, lézengő ifjúból céltudatos, összeszedett fiatalemberré vált, aki nagy gonddal rendszerezi tapasztalatait, majd nekilát életműve, az evolúciós elmélet részletes kidolgozásának. Ehhez a több évtizedes munkához főként a hajóút során tett megfigyeléseit használja fel egyéb olvasmányai mellett. Kiváltképpen kora egyik legelismertebb geológusa, Charles Lyell munkája van rá nagy hatással, melyet útja során is tanulmányoz. A mű a korszak tudományos életének mai napig fennálló gondolkodásmódját közvetíti felé, miszerint a teremtés és a csodák nem magyaráznak meg semmit, pusztán a világ eredetének kérdését egyszerűsítik le. Darwin világnézete is megváltozik az út során: kezdetben a tengerészek gúnyolódásai ellenére kiáll a Biblia tekintélye mellett, a hazatérte utáni években viszont az Írást újraolvasva előbb az Ószövetséget helyezi egy szintre a hindu vagy bármely más vallás irataival, majd Jézus Krisztus személyét látja végképp idegennek a tudományos – és általa igazinak vélt – megismeréstől. „A folyamat annyira fokozatos volt, hogy nem okozott nekem semmilyen rossz érzést” – vall erről önéletrajzában.
Hazatérése után a tudományos elit tárt karokkal várta Angliában, különösen a Beagle felfedezőútjáról írt első könyvének megjelenését követően. Számos tudóstársaság tagjává választja, valamint anyagi függetlenséget szerez számára. Szüksége is van erre, mert ettől fogva 22 éven át főművére, A fajok eredetének megjelentetésére készül. Eközben házasságot köt első fokú unokatestvérével, a vallásos Emma Wedgwooddal. Családjával a Kent grófságbeli Downe falucskába költözik, ahol szinte remeteként, órarendszerűen beosztott életmódot folytat (itt is hal meg 1882-ben). Egészsége meglehetősen ingadozik, rejtélyes tünetcsoport kínozza: olykor súlyos szorongás vesz rajta erőt, szívritmuszavarok, légszomj, hányás, hisztérikus sírás gyötri, ezen túl fél a szabadban tartózkodni. Különösen akkor erősödnek fel a pánikbetegségre utaló jelek, amikor az evolúció elméletén aktívan dolgozik. Hogy műve mekkora felforduláshoz vezet majd, azt valamiképp sejtette: „Olyan ez, mintha egy gyilkosságot vallanék be” – írja egy levelében. A fajok eredete megjelentetésével egészen addig vár, míg tudomására nem jut, hogy kortársa, A. R. Wallace szintén a természetes kiválasztódással értelmezi a fajok származását. Végül 1859-ben került a boltokba műve, s már rögtön az első napon elfogyott. A sikere titka, hogy ő volt az első, aki meggyőző erővel és részletesen érvel az evolúciós eszme mellett (noha az már korábban is ismert volt a tudományos világ számára).
Darwint és művét azonnal lelkes pártolók vették körül, ám ellenzői is nagy figyelmet fordítottak rá. Támogatói keresztes lovagként védelmezték a „forradalmi felfedezést” számos nyugati országban, hiszen számukra az evolúció jelentette a régi, vallásos világból a „modern”, tudományos gondolkodásba átvezető eszmét. Angliában Thomas Huxley nyilvános vitákban állt ki Darwin mellett, s csapott össze egyebek közt Oxford püspökével, és ezt a szerepet tölti be korunkban a népszerűsítő műveiről híres Richard Dawkins, az „ateizmus pápája” is.
Darwin életműve a 19. század végétől a 20. századon át máig ható jelentőséggel bír: az evolúciós szemlélet egyaránt ihletője volt a freudizmusnak, a marxizmusnak (Marx dedikált művét, A tőkét el is küldte Darwinnak), és egyik forrásává lett a nácizmusnak is. A tudós tiszteletére minden év február 12-én Darwin-napot tartanak, mely a tudományos gondolkodás ünnepének is számít; 2009-et pedig nemzetközi Darwin-évnek keresztelték el születésének kétszázadik, fő műve megjelenésének százötvenedik évfordulója alkalmából.