Az abszolutizmusra törekvő európai uralkodók az egyházi kérdésekben is érvényesíteni akarták kizárólagos uralmukat, le akarták rázni magukról a pápa gyámkodását. Ezért igyekeztek visszaszorítani a pápai érdekek első számú érvényesítőinek, a jezsuitáknak a befolyását. Fokozta az abszolutista uralkodók jezsuitaellenes érzéseit, hogy a zsarnokölés jogosságának eszméjét egy spanyol jezsuita, Juan de Mariana is megfogalmazta 1598-ban kiadott, A királyságról és a királyság intézményéről című könyvében. Ebben kifejtette, hogy a zsarnok uralkodó erőszakos úton is eltávolítható, sőt nem bűn megölni sem. Művében példaként utalt a III. Henrik francia királyt 1589-ben meggyilkoló Clement Domonkos-rendi szerzetesre és annak felbujtójára, Guignard jezsuita páterre, akiket „Franciaország díszei”-ként említett. A jezsuitákat egyébként a királygyilkosságban való részességük miatt a párizsi parlament döntésének megfelelően 1593-ban elűzték Franciaországból. Száműzetésük azonban csak alig több mint egy évtizedig tartott, mert az új uralkodó hamarosan visszahívta őket.
A Jézus Társaságot számos súlyos elmarasztalás érte az Európán kívüli misszióikban alkalmazott hittérítő módszereik miatt is. Elsősorban a helyi viszonyokhoz történő túlzott alkalmazkodásukat bírálták. Így például azt, hogy Kínában a missziós siker érdekében a katolikus teológiai kifejezéseket a konfuciánus vallás hagyományos fogalmaival fordították le. Hasonlóan éles tiltakozást váltott ki az is, hogy a jezsuita misszionáriusok a kínaiak számára központi jelentőségű ősök tiszteletét beemelték a helyi katolikus liturgiába.
Bírálóik, elsősorban a ferencesek, a katolikus hit tisztaságának feladásával, a tridenti zsinat rendelkezéseinek megszegésével vádolták őket. Az 1700-as évek elején a Vatikánba érkezett feljelentések nyomán először a kifogásolt kínai szertartások szentszéki vizsgálata indult meg. A jezsuiták ezt úgy próbálták kivédeni, hogy tizenhét katolikus hitre tért mandarintól, sőt magától a kínai császártól is olyan értelmű nyilatkozatot juttattak el Rómába, hogy sem a halottkultusznak, sem Konfucius tiszteletének nincsenek pogány vallási vonatkozásai. A Hitterjesztési Kongregáció és az Inkvizíció Szent Hivatala azonban betiltotta a kifogásolt rítusokat. Ez az úgynevezett rítusvita tovább folytatódott, és XIV. Benedek pápa 1742-ben előbb a kínai, majd két évvel később a jezsuiták által bevezetett indiai szertartásokról mondta ki, hogy összeegyeztethetetlenek a katolikus hitelvekkel és liturgiával.