Az elárvult és örökségéből kifosztott Bornemisza Pétert a hódoltságból menekülők eljuttatták a Felső-Tisza vidékén élő távoli rokonokhoz, akiknek felvidéki udvarházaiban nevelkedett. Kassán járt iskolába, ahol a magas színvonalú oktatás mellett megtapasztalhatta a fellángoló hitvitákat is. Itt a diákok is aktívan részt vettek a közéletben és a hitéletről folytatott vitákban.
A buzgó ifjú 18 éves korában angyalnak öltözve elbújt a Habsburg-párti várkapitány kemencéje mögött, hogy megijessze a katolikus főtisztet és családját. A diákcsínyért azonban börtönbe került, és miután innen megszökött, a várost is el kellett hagynia. Három évig rejtőzködött lutheránus otthonokban, ahol a tanulás mellett elkezdett írni is. Huszonegy éves korában megírta számos irodalomtörténész által korának egyik legszebb költészeti alkotásának nevezett búcsúversét, a Siralmas énnéköm…-et, amikor Nyugat-Európába indult, hogy Itáliában tanuljon. Ugyan más világi költeményei nem ismertek, feltételezhető, hogy a reneszánsz művészeket és egyben a reformációt aktívan támogató Nádasdy Tamás nádor irodalomkedvelő tiszttartójával együtt, tehetsége miatt kezdték el őt pártfogolni, akiknek a segítségével és ajánlásával először Padovában kezdte meg egyetemi tanulmányait. Innen a reformáció fellegvárába, Wittenbergbe utazott, ahol Luther Márton munkatársa, Philipp Melanchton tanítványa lett.
A reformáció hazájából Bécsbe költözött, itt a görögtudós Georgius Tanner professzor révén megismerte Szophoklész Elektráját, amit prózai iskoladrámává dolgozott át Bécsben élő magyar diáktársai kérésére. Nemeskürty István irodalomtörténész szerint Bornemisza még William Shakespeare megjelenése előtt olyan magyar tragédiát alkotott, ami nyelvében és dramaturgiai feldolgozásában is előzmény nélküli, európai rangú, színvonalas mű. A huszonhárom éves író, a Tragoedia magyar nyelven, az Sophocles Electrájából című átdolgozásban a dráma hátterének nem az antik görög, hanem a korabeli főúri környezetet adta, és a pogány elemeket nagymértékben elhagyva, keresztény üzenettel töltötte meg. Ugyanakkor éles kritikát fogalmaz meg a népet elnyomó, kegyetlen főurak ellen. A feldolgozásban korának közönsége párhuzamot vélhetett felfedezni az akkoriban német-római császárrá választott magyar–cseh királlyal, I. Ferdinánddal. Az utószóban Bornemisza azt a szinte forradalminak számító kérdést is felteszi, hogy jogos-e egy zsarnokkal való erőszakos szembeszállás az elnyomás esetén. Az 1558-ban megjelent művet sokáig elveszettnek hitték, azonban az 1920-as években egy német könyvtárban megtalálták, majd Móricz Zsigmond alkalmazta színpadra Magyar Elektra címen.