Az 1942. december 14-i levélben Lothar Koenig jezsuita, a németországi náciellenes mozgalom egyik tagja levelet írt a pápának és a pápa vatikáni személyi titkárának, a szintén német Robert Leiber atyának. A levélben Koenig azt írja, több forrás megerősítette, hogy naponta kb. 6000 lengyelt és zsidót végeznek ki az „SS-kemencékben” a belzeci táborban.
A telex idézi a Corriere olasz lapot, amelyben a Vatikán levéltárosa, Giovanni Coco a levélről azt mondta, a levél „óriási és egyedülálló” lelet, amely azt mutatja, hogy a Vatikánnak információi voltak arról, hogy a munkatáborok valójában haláltáborok voltak. „Most már biztosak vagyunk abban, hogy a
németországi katolikus egyház pontos és részletes információkat küldött XII. Piusznak a zsidók ellen elkövetett bűncselekményekről
– mondta Coco. A levél két másik náci táborra, Auschwitzra és Dachaura is hivatkozott.
Tizennégy éven át készítették elő a Szentszék levéltárosai a Vatikáni Apostoli Levéltár a XII. Pius idejében keletkezett iratokat a kutatók számára. Az archívum 2020. március 2-án megnyílt, ám történészek alig kezdeték azonban a munkát, szinte azonnal be is kellett fejezni azt: március 14-én a Vatikán a koronavírus járványra hivatkozva bezárta minden intézményét és az olasz hatóságok távozásra szólították fel a külföldi tudósokat.
A szakemberek azonban már akkor, a rendkívül rövid idő alatt is fontos bizonyítékokat találtak arról, hogy XII. Pius részletes információkkal rendelkezett a zsidók elleni tömeggyilkosságokról.
Hubert Wolf német vallástörténész hat munkatársával együtt az apostoli nunciusok (a Szentszék nagykövetei) Rómába küldött feljegyzéseit tekintette át. A kiterjedt diplomáciai hálózatnak köszönhetően a pápa a világ elsőszámú vezetőihez hasonlóan tájékozott volt – különösen azokról az országokról, ahol jelentős számban éltek katolikusok.
Az egyházfő különösen jól ismerte Németországot, hiszen 1917 és 1929 között nunciusként szolgált itt, kezdetben Münchenben, majd Berlinben. 1930-tól vatikáni államtitkár volt, egészen 1939-es pápává választásáig. Hitler hatalomra kerülését követően a Vatikán nagyon hamar, 1933. július 20-án konkordátumot kötött a Németországgal is.
Az egyezmény nagy siker volt a náci birodalom számára, mert a Vatikán elismerése segített feltörni az Adolf Hitlerrel szembeni nemzetközi diplomáciai bojkottot: bebizonyította ezzel, hogy a Harmadik Birodalom nem egyházellenes; a Vatikán egy nyíltan fajvédő, rasszista politikát folytató országgal is jó kapcsolatokat tud ápolni; az egyház pedig önként visszavonul a politikától.
Az egyezményt aláíró Eugenio Pacelli bíboros (a későbbi XII. Pius) az Osservatore Romanoban megjelent írásában már 1934 januárjában magyarázkodásra kényszerült. Azzal védekezett, hogy a Vatikán nem a náci államot ismerte el, hanem a mindenkori fennálló rendszerrel kötött egyezséget: „Kötött már az egyház konkordátumot monarchiákkal, köztársaságokkal, demokráciákkal és totalitárius államokkal is” – írta a bíboros.
Azt eddig is lehetett tudni, hogy az 1939 februárjában – alig néhány hónappal a második világháború kitörése előtt – megválasztott XII. Piushoz eljutottak információk a holokausztról. Ezek közül a leginkább kiemelkedő anyag, az úgynevezett Riegner-jelentés. Ennek szerzője, Gerhardt Riegner a Zsidó Világkongresszus genfi irodájában dolgozott, ahol a nácik zsidóellenes politikájával kapcsolatosan a szövetségesek tájékoztatása volt a feladata. Így került kapcsolatba a mélyen katolikus hívő Kurt Gersteinnel is, aki az SS keretében több esetben járt a keleti megsemmisítő táborokban, és részletes leírást adott a holokausztról, azon belül is az Endlösung lefolyásáról.
A belzeci megsemmisítő táborról készített jelentése a mai napig megrázó olvasmány. Riegner szoros kapcsolatba került a vatikáni diplomatákkal is, akiktől azt várta, hogy tájékoztassák a pápát a történtekről. XII. Pius azonban nem szólt nyilvánosan, egészen 1944 június végéig, amikor a magyarországi deportálásokat ítélte el. Ekkor azonban Róma már az amerikai csapatok kezén volt.
A levéltár megnyitása után már többet tudhatunk. Hubert Wolf április végén a Kirche+Leben című katolikus lapnak elmondta: munkatársaival együtt olyan dokumentumokat talált, amelyeket nem tartalmazott a jezsuiták által négy évtizede összeállított 11 kötetes tanulmány, amely a pápa Holokausztban betöltött szerepét mutatja be és védi a vallási vezető imázsát.
1942 szeptemberében az Egyesült Államok átadott a Vatikánnak egy olyan, a Zsidó Ügynökség által készített dokumentumot, mely beszámolt 100 ezer zsidó meggyilkolásáról a varsói gettóban, illetve 50 ezer zsidó legyilkolásáról a német megszállás alatt lévő Ukrajnában. Vatikáni források nem erősítették meg ennek a dokumentumnak létezését.
Wolf azonban arra is talált bizonyítékot, hogy XII. Piusz olvasta az amerikai dokumentumot és arra, hogy a Vatikán két esetben is meghamisította a gyilkosságról szóló beszámolókat. Egy levél szerint, melyet Lviv (Lemberg) város ukrán görög katolikus érseke, Andrej Septickij jóval az amerikai jelentés előtt beszámolt már 200 ezer zsidó ukrajnai legyilkolásáról az „egyenesen ördögi” német megszállás alatt.
Egy másik esetben egy olasz üzletember, bizonyos Malvezzi számolt be Giovanni Battista Montini tiszteletesnek, a későbbi VI. Pál pápának a zsidók varsói „könyörtelen lemészárlásáról”. Montini ezt jelentette felettesének, a Vatikán titkárának, Luigi Maglione bíborosnak.
Erről a két jelentésről a Vatikán külügyminisztere, Angelo Dell’Acqua írt levelében, amelyben arra figyelmeztetett, hogy nem szabad hinni a zsidók beszámolóinak, mert a „zsidók gyakran túloznak és nem példái az őszinteségnek”.
Wolf állítása szerint olyan dokumentumokat is talált, amelyek fényképpel bizonyítják a tömeges gyilkosságokat és a tömegsírokat, illetve azt is jelezte, hogy olyan levelezésnek is lennie kell, amelyet a pápa az amerikai elnökkel és amerikai zsidó szervezetekkel folytatott. Wolf szerint „bizonyos, hogy a pápa tudott a zsidók lemészárlásáról”, hozzátéve, hogy „ami igazán érdekel, az az, hogy mikor értesült arról először, és mikortól hitte el, ami történik”.
A második világháborút követően a római katolikus egyház számos tagja nyújtott segítséget a menekülő náciknak. Köztudott, hogy többek között Adolf Eichmann és Josef Mengele is a genovai ferences kolostorban várakozott a hamis személyazonosságot igazoló iratokra és a Dél-Amerikába szóló hajójegyekre. A nácik menekülésére szolgáló, úgynevezett „patkányjáratot” a Vatikán tudtával és jóváhagyásával üzemeltették.
1958-as halálát követően XII. Pius pápa megítélése pozitív volt. 1963-ban azonban bemutatták Rolf Hochhuth A helytartó című darabját (a közönség 2002-ben Costa Gavras feldolgozásában készült Ámen című filmből is ismerheti), amely XII. Pius második világháború és holokauszt alatti magatartását elítélően mutatja be.
Azóta a pápa személye és szerepe állandó vitákra ad okot. Így van ez akkor is, ha XVI. Benedek pápa 2009 decemberében „tiszteletreméltó” címmel ruházta fel, amely az első lépés a boldoggá, majd a szentté avatás felé. Ezt azzal indokolta, hogy XII. Pius a világháború idején „hősi, keresztényi életet élt.”
A bejelentést és a folyamat elindítását nemzetközi felzúdulás követte, így a folyamat megakadt. A szentté avatáshoz a pápa által elkövetett csoda bizonyítéka hiányzik, ám erről 2014-ben Ferenc pápa azt mondta, hogy ez egyelőre hiányzik, így rövid időn belül nem várható XII. Piusz szentté avatása.